L'architecte Stefano Boeri a intitulé son œuvre "La Villa", car il considère la villa comme un type architectural typiquement méditerranéen. Le bâtiment, qui ressemble à une console ou à un rapporteur de 19 m de haut, sera érigé sur la jetée J4 en bordure du Vieux Port de Marseille. Sa partie saillante atteindra une longueur de 40 m, ce qui est un record du monde pour de telles structures. Il sera situé à côté du Fort Saint-Jacques et du futur Musée des Civilisations Européennes et Méditerranéennes de l'architecte Rudy Ricciotti, qui, comme le Centre Régional, fait partie du programme d'aménagement de Marseille en tant que centre de tout le bassin méditerranéen «Euroméditerranée».
Le nouveau bâtiment sera «situé à la frontière de la mer et de la terre». Ses deux niveaux inférieurs seront complètement sous l'eau, et leurs fenêtres permettront aux visiteurs de regarder les navires passer au-dessus de leurs têtes. Il y aura un auditorium convertible de 700 places, une médiathèque et des ateliers d'art.
Le premier étage «hors de l'eau» abritera une salle d'expositions temporaires, un café et une librairie. Les quatre niveaux supérieurs seront occupés par des salles d'exposition, des salles de conférence et de séminaire, la partie administrative et - tout en haut - une terrasse de restaurant-observation.
Les façades latérales du bâtiment seront entièrement vitrées, le reste des murs sera revêtu de pierre artificielle, bordée d'ouvertures de fenêtres asymétriques.
Selon les responsables politiques qui ont conçu la construction du Centre et l'ensemble du programme Euroméditerranée, il deviendra un symbole de la culture de la nouvelle Méditerranée, qui remplacera la situation actuelle, lorsque les pays de cette région seront divisés par de nombreux contradictions.
