Christian de Portzamparc, l'auteur du projet, a utilisé l'emplacement favorable du bâtiment: au milieu d'un bosquet sur le campus de Louvain-la-Neuve. En raison de l'inégalité du relief, le deuxième étage du bâtiment s'est avéré être au même niveau que les rues de la ville, c'est donc à ce niveau que se trouve le hall du musée, où un pont piétonnier mène de la ville. Le premier étage vitré avec locaux techniques sert de base au volume principal du bâtiment, un prisme allongé blanc.
Ses murs sont découpés avec de grandes ouvertures rectangulaires et ressemblent à une page de bande dessinée avec une série de dessins. La similitude s'intensifie dans l'obscurité, lorsque l'intérieur du musée est visible à travers les fenêtres.
Depuis le hall, le visiteur se retrouve dans un atrium lumineux qui relie quatre zones d'exposition thématiques - «chapitres» de l'exposition. Ils sont dédiés à la vie et à l'œuvre d'Hergé (Georges Remy), Tantan (Tintin) et ses créations moins connues. Ces petites pièces à la lumière tamisée sont enfermées dans des volumes lumineux reliés entre eux par des ponts. L'architecte compare le "paysage" fantastique qui en résulte avec le monde des dessins d'Hergé - très crédible et en même temps complètement différent de la réalité.
