La Fondation Botín pour les Arts et la Culture a été construite dans l'ancienne zone portuaire, qui a longtemps coupé l'océan Atlantique du centre-ville. La situation a changé avec l'apparition d'un nouveau centre culturel sur le site d'un parking pour le terminal des ferries, mais les changements pour le mieux auraient été beaucoup plus modestes sans l'initiative des autorités de la ville: ils cachait une autoroute très fréquentée (13 millions de voitures par an) dans un tunnel qui passait entre des pâtés de maisons et une jetée. Cela a permis d'étendre les jardins historiques de Pereda jusqu'au bord de l'océan: c'est sur leur nouveau territoire que se trouve le centre de Botín.
Il est surélevé au-dessus du sol sur des supports blancs et est partiellement recouvert de verdure, afin de ne pas perturber l'intégrité du paysage marin qui s'ouvre à partir de ce point. Dans le même but, le volume du bâtiment est divisé en deux «hémisphères», reliés par des passages et des terrasses en verre et en acier. Dans le même temps, le bâtiment fait saillie de neuf mètres dans l'Atlantique, formant une sorte de tremplin.
Les façades sont recouvertes de 280 000 carreaux de nacre arrondis qui soulignent la forme profilée du bâtiment. Les extrémités des «hémisphères», face à l'océan et à la ville, sont vitrées, entièrement vitrées - et le pavillon d'entrée est la seule pièce de plain-pied au centre. Il y a un centre d'information, une boutique du musée, un café et un restaurant.
Au-dessus, dans le plus grand "hémisphère" occidental, se trouvent deux étages de salles d'exposition avec un système sophistiqué de filtrage de la lumière du soleil dans les plafonds typiques des projets de l'atelier de construction Renzo Piano.
La partie est abrite une salle de 300 spectateurs et un centre éducatif. Un écran LED a été installé sur la façade ouest et un amphithéâtre a été érigé pour les projections de films et la diffusion de ce qui se passe dans le bâtiment.
La nouvelle partie des jardins de Pereda a été conçue par l'architecte paysagiste Fernando Caruncho: lors de la reconstruction, la superficie de ce parc de la ville est passée de 20 000 à 48 000 m2, et les espaces verts - de 7 003 à 20 056 m2. Un nouveau centre d'information touristique y a été construit, également selon le projet du bureau de Piano.