Le complexe muséal est une centrale électrique reconstruite du début du XXe siècle, une structure en brique avec une décoration néoclassique en stuc, dans laquelle sont intégrées les formes cristallines caractéristiques de Libeskind. De l'extérieur, ils se lisent comme des volumes cubiques et allongés en acier inoxydable bleu qui dépassent des planchers du bâtiment. Ils se présentent sous la forme de deux lettres de l'alphabet hébreu - «chapeau» et «iod», qui forment ensemble la devise du projet de Libeskind, L'Chaim, qui signifie «vivre». Cependant, ils ne sont lisibles que si vous regardez le bâtiment d'en haut, qui est inaccessible au visiteur moyen du musée.
Dans le hall du musée, le mur en face de l'entrée est bordé de lignes en relief en surbrillance formant le mot «pardes», signifiant «Jardin d'Eden», et symbolisant également les quatre niveaux de compréhension de la Torah. Mais cet élément du projet est également perçu avec difficulté en raison des virages serrés dans l'espace du hall.
Sur le principal - le premier étage du complexe - il y a aussi un auditorium (au plafond duquel une carte de la Terre Sainte est représentée de manière abstraite), un centre éducatif et des galeries. Au deuxième étage se trouvent des locaux administratifs, ainsi qu'une salle d'exposition du même nom inscrite dans un immense cube de la lettre «iode», éclairée à travers 36 fenêtres polygonales.
Libeskind lui-même souligne la différence entre le bâtiment de San Francisco et ses musées juifs du Vieux Monde: le bâtiment californien n'a pas le cachet de la catastrophe de l'Holocauste, qui est forcément présente dans ses projets européens. Néanmoins, le langage de l'architecture de Libeskind est resté le même: les lignes pointues et brisées qui symbolisaient auparavant la tragédie historique devraient maintenant représenter les «cabines du paradis» d'une diaspora juive florissante sur la côte Pacifique.
